Игра начинается спустя 10 лет после появления на Земле искусственно созданного вируса SGDS и вызванной им эпидемии, унесшей жизни почти всех людей. В результате глобальной катастрофы в живых остались только те небольшие группы, которые успели укрыться в бункерах.
В «Soldiers of Anarchy» игрок управляет одной из таких групп, которая после долгого ожидания решила выбраться на поверхность и найти других выживших. Они обнаруживают совершенно другой мир, в котором царит анархия, а власть принадлежит вооружённым бандам. Небольшой отряд, руководимый игроком, попытается помочь мирным жителям и узнать тайну происхождения вируса. Вначале можно управлять группой из 4—х человек, но по мере развития сюжета к ней присоединяются новые бойцы. Всего для выполнения миссии можно взять до 10 солдат и до 10 единиц техники. Большинство задач в «SoA» решается с помощью оружия. Поскольку промышленности в постапокалиптическом мире не существует, в игре нет и футуристических технологий. Вся используемая техника, оружие и амуниция — старые, оставшиеся от «прежнего» мира.