Пришелец—телепат Ментор, убегая от лорда Доминиона и его сил вторжения, летит на Землю в небольшом корабле содержащем канистры со странной субстанцией под названием «Энергия X». Корабли лорда Доминиона преследуют Ментора и сбивают его корабль на орбите Земли. Взрыв разбрасывает канистры над метрополией Патриот Сити. Энергия X бьёт некоторых жителей города, давая им сверхспособности которые либо основаны на их личности (например, Минитмен или Эль Диабло) либо зависят от ситуации в момент удара (например, Муравей или Ядерная Зима). Большая часть игры происходит в Патриот Сити, но некоторые другие места и временные периоды также используются, включая волшебные земли, доисторические времена, и даже не—пространство—время.